John Erpenbeck wurde 1942 im sowjetischen Exil in Ufa (Baschkirien) als Kind der Schriftsteller Fritz Erpenbeck und Hedda Zinner geboren. 1945 kehrte er nach Deutschland zurück. Nach dem Abitur studierte er Physik mit der Spezialisierung Biophysik und wurde zum Dr. rer. nat. promoviert. Er arbeitete zunächst als Experimentalphysiker am Institut für Biophysik der Akademie der Wissenschaften zu Berlin. Danach war er wissenschaftlicher Mitarbeiter im Ministerium für Wissenschaft und Technik im Bereich Kernforschung und Kosmosforschung. Fast zwei Jahrzehnte war er dann wissenschaftlicher Mitarbeiter am Zentralinstitut für Philosophie der Akademie der Wissenschaften der DDR mit den Schwerpunkten philosophische, historische und wissenschaftstheoretische Probleme der Psychologie kognitiver, emotional-motivationaler und volitiver Prozesse. 1978 Habilitation zum Dr. sc. phil. mit der Arbeit „Erkenntnistheorie und Psychophysik kognitiver Prozesse“. 1984 wurde er zum Professor ernannt. Nach der Auflösung der Akademie der Wissenschaften der DDR war er ab 1991 an der Förderungsgesellschaft wissenschaftlicher Neuvorhaben mbH der Max-Planck-Gesellschaft mit dem Forschungsschwerpunkt Wissenschaftsgeschichte und Wissenschaftstheorie tätig. 1993 bis 1994 ging er als Research Professor an das Center for Philosophy of Science in Pittsburgh, danach war er Professor an der Universität Potsdam, Arbeitsgruppe Wissenschaftskommunikation. Von 1998 bis 2007 war er im Projekt Lernkultur Kompetenzentwicklung (ABWF/QUEM) wissenschaftlich und leitend aktiv. Seit 2007 hatte er den Lehrstuhl Wissens- und Kompetenzmanagement an der SIBE (School of International Business and Entrepreneurship) im Verbund der Steinbeis-Hochschule Berlin inne, mit der er bis heute verbunden ist.
Neben wissenschaftlichen hat er immer wieder auch literarische Werke veröffentlicht, so den Gedichtband „Arten der Liebe“ (1978), die Romane „Analyse einer Schuld“ (1977), „Gruppentherapie“ (1989) und „Aufschwung“ (1996) sowie den Band „Hermann Glöckner. Ein Patriarch der Moderne“ (1983). Erpenbeck war mit der Arabisch-Übersetzerin Doris Erpenbeck verheiratet und hat mit ihr eine Tochter, die Schriftstellerin Jenny Erpenbeck. Seit 1983 ist er mit der Typografikerin Ilse Erpenbeck verheiratet und hat mit ihr eine Tochter, die Medizinerin Luise Erpenbeck. Das Ehepaar lebt in Berlin.